Même si la culture de champignons n'est pas particulièrement difficile, elle nécessite des processus propres et stériles pour être réussie. Une seule spore de moisissures contaminant votre substrat, vos bocaux ou votre équipement peut suffire à ruiner l'intégralité de vos cultures de champignons. Lisez la suite pour tout savoir sur la contamination des champignons, comment la repérer et comment la prévenir.

QUELS SONT LES SIGNES D'UNE CONTAMINATION DES CHAMPIGNONS ?

Si votre culture de champignons a été contaminé, il y aura normalement (mais pas toujours) des signes distincts révélateurs. Ces signes dépendent du type particulier de champignon ou de bactérie ayant contaminé votre culture.

• Gelée

De nombreux types courants de bactéries qui peuvent contaminer les cultures de champignons peuvent donner au mycélium ou aux céréales l'apparence d'une gelée. Cette gelée se produit souvent dans les zones où le substrat est pressé contre le verre, ce qui peut prendre la forme de ronds de gelée de couleur jaune ou marron autour des céréales. Parfois, la gelée bactérienne peut aussi montrer une croûte ou un gel à la surface des céréales.

• Odeurs inhabituelles

Tous les types de contamination des champignons ne sont pas nécessairement visibles. Parfois, c'est une odeur étrange qui peut vous indiquer un problème avec vos cultures de champignons. Une odeur inhabituelle peut aussi être utile pour identifier la contamination quand le champignon contaminant pourrait sinon passer inaperçu car similaire au champignon mycélium. Surveillez les odeurs de moisissure et de renfermé et toutes les odeurs qui ne sentent pas comme les champignons.

• Décoloration

Heureusement, de nombreux types de moisissure ont une couleur bien particulière, qui permet de les repérer facilement. Surveillez toutes les couleurs typiques de la moisissure, qui peut être verdâtre, bleuâtre, blanche, grise ou noire selon la souche de champignons. Gardez à l'esprit que toutes les décolorations dans votre bocal de champignons ne sont pas nécessairement dues à une contamination.

• Sectorisation

Quand votre culture de champignons est contaminée par des spores de champignons indésirables, cela signifie que deux champignons différents poussent en même temps. Comme nous sommes en présence de deux champignons qui entrent en compétition, il y a aussi normalement des frontières distinctes là où les deux mycéliums se rencontrent. On peut parler de sectorisation. Alors surveillez toutes les zones de votre substrat qui semblent distinctes et séparées du reste de vos cultures.

• Sporophores

Les sporophores sont de fines structures, comme des poils, d'un champignon. Quand elles apparaissent, elles peuvent ne pas être visibles à l’œil nu en raison de leur petite taille. Mais certaines sporophores peuvent être plus grosses et c'est à ce moment qu'on peut les repérer. Une loupe peut vous aider à voir ces poils ressemblant à des vibrisses, avec une petite « bulle » au bout.

• Mycélium inhabituellement lisse et spongieux

Certains types de moisissures peuvent former un mycélium très dense. Si vous cultivez dans des bocaux, ce champignon indésirable peut très rapidement remplir tout le volume du bocal. Vous pouvez le repérer à son aspect mou, comme une éponge, qui diffère du mycélium des champignons qui nous intéressent.

• Texture poussiéreuse

De nombreux types de champignons peuvent être difficiles à repérer à l’œil nu, mais une loupe peut aider. Les sporophores des champignons apparaissent souvent sous forme d'une couche de poussière ou de poudre à la surface du substrat. Avec une loupe, vous pouvez clairement distinguer cette « poudre de champignon » des autres décolorations inoffensives du mycélium.

• Taches blanches molles (superposition)

Quand votre substrat est contaminé, la portion contaminée peut devenir molle, spongieuse et friable. Vous pouvez repérer ce type de couche molle par dessus le substrat grâce à sa couleur blanche, ce qui la distingue clairement du reste du substrat.

TYPES DE CONTAMINATIONS DES CHAMPIGNONS

• Pénicillium (P. chrysogenum, P. expansum)

Le Pénicillium est le type de moisissure le plus courant. Les spores du champignon Pénicillium se répandent dans l'air et peuvent facilement contaminer le substrat. La moisissure peut alors s'installer dans le bocal, s'y répandre rapidement et écraser tout le mycélium des champignons.

Une contamination au Pénicillium commencent normalement par être blanche, ce qui peut rendre difficile au départ de la distinguer du mycélium. Les colonies de Pénicillium ont généralement une forte circulaire. Le Pénicillium apparaît souvent sur le bois, ce qui explique pourquoi les cultivateurs de champignons ne devraient jamais utiliser de plateaux en bois. Heureusement, la contamination au Pénicillium se produit rarement après le développement du mycélium. La plupart du temps, elle affecte les céréales non-colonisées. Le Pénicillium a une odeur de poussière moisie.

• Aspergillus (A. flavus, A. niger, A. fumigatus, A. versicolor)

Le champignon Aspergillus est un autre type de champignon très courant qui voyage dans l'air et peut infecter votre culture de champignon. Le mycélium d'Aspergillus peut être d'un gris clair, avec une apparence similaire au mycélium de vos champignons. Certaines espèces d'Aspergillus peuvent être jaunes, noires, vertes, marron ou bleu et la variété A. versicolor peut adopter un large éventail de couleurs différentes. Parfois, les colonies d'Aspergillus forment un anneau, avec un mycélium plus dense sur le bord. Aspergillus peut avoir une odeur huileuse de moisi.

• Trichoderma (T. viride, T. harzianum, T. koningii)

Tout comme Pénicillium et Aspergillus, Trichoderma est un contaminant courant pour les champignons. C'est un champignon particulièrement agressif qui a déjà gâché d'innombrables cultures de champis. Le mycélium de Trichoderma a souvent une couleur gris clair, ce qui ne le rend pas toujours facile à repérer. Quand la contamination s'est installée, une fois les spores introduites par la terre, la poussière ou les vêtements, le premier signe sera probablement une épaisse croissance blanche à la surface du substrat. Les spores de Trichoderma peuvent produire un mycélium pouvant être de couleur jaunâtre ou verdâtre, souvent avec un anneau blanc brillant distinct qui entoure la colonie.

La contamination par Trichoderma peut se produire à toutes les étapes. Ce qui la rend particulièrement délicate, c'est que vous pourriez passer à côté des débuts de la contamination, car la sporulation ne se produit qu'après la prolifération. Pour cette raison, le cultivateur de champignon doit tester à l'odeur pour repérer cette moisissure avant qu'elle ne se répande. Malheureusement, tous les types de Trichoderma n'ont pas une odeur distincte, même si certaines espèces ont une odeur rappelant la noix de coco.

• Bacille (B. subtilis, B. cereus)

Le Bacille n'est pas un champignon, mais un type de bactérie. C'est néanmoins un contaminant courant pour les cultures de champignons et le B. subtilis résistant à la chaleur est la variété la plus courante. La contamination avec cette variété peut s'afficher sous la forme d'une gelée ou d'une croûte sur le substrat. La contamination avec la bactérie est presque toujours due à un équipement non-stérile. Il y a un risque particulier de contamination quand l'incubation se fait à une température supérieure à la température ambiante. Vous pouvez identifier la contamination par le Bacille en raison de la répugnante odeur de pourri qu'il peut dégager.

• Mucor (poil de chat)

La moisissure dite de poil de chat tire son nom des petits poils (sporophores) avec une petite tête. C'est un contaminant courant qui peut affecter les nouvelles cultures, mais qui apparaît moins sur les substrats.

• Rhizopus (R. stolonifera, R. oryzae)

Rhizopus est un autre contaminant courant. Ce qui rend Rhizopus difficile à traiter, c'est qu'il pousse extrêmement vite. Similaire en apparence à la moisissure poil de chat, Rhizopus développe des sporophores en poils avec une petite tête. Rhizopus a une odeur aigre. Parfois, l'odeur du champignon peut rappeler celle de l'alcool.

• Fusarium

Le mycélium du Fusarium peut facilement être confondu avec le mycélium de nos champignons, car il possède la même couleur blanche et pousse aussi à la même vitesse. Mais Fusarium prend ensuite des couleurs vives et distinctes qui peuvent être rose, violet, orange et jaune après quelques semaines. Parfois, le Fusarium est introduit avec un équipement non-stérile et peut souvent se produire dans les bocaux PF.

• Levures

Les levures sont un autre contaminant courant qui, tout comme les champignons ou bactéries, peut détruire les cultures de champignons. Souvent, une contamination aux levures apparaîtra n'importe où dans le bocal sous forme de petites taches blanches ou jaunes. D'autres types de levures peuvent apparaître comme une contamination bactérienne. Les substrats ne sont généralement pas contaminés par les levures, mais elles peuvent être présentes dans l'inoculant, à partir duquel elles se développent. Les levures peuvent avoir des odeurs variées.

Cette liste ne présente que quelques-uns des contaminants les plus courants qui peuvent affecter vos cultures de champignons. Parmi les nombreux autres types d'organismes, on retrouve des champignons, des bactéries et des levures qui peuvent écraser vos champignons, ou au mieux en réduire fortement les rendements. Vous voulez éviter que cela se produise. Voici nos conseils pour prévenir la contamination des champignons.

COMMENT PRÉVENIR LA CONTAMINATION DES CHAMPIGNONS

Quand on veut réussir à cultiver des champignons avec peu de risques de contamination, rien n'est plus important qu'un environnement stérile et un processus stérile. Avec la plupart des types de contaminants, une seule spore de champignon ou bactérie suffit à contaminer toutes vos cultures de champignons. Le mycologue amateur ne fait certes pas pousser ses champis dans un environnement 100 % stérile comme un laboratoire. Néanmoins, vous pouvez prendre plusieurs mesures pour réduire les risques de contamination.

UN ENVIRONNEMENT DE CULTURE STÉRILE

La plupart des contaminants comme les spores de moisissures et champignons se répandent dans l'air. Elles peuvent être partout, même dans des environnements semblant très propres et vous ne pouvez pas les voir. Ce qui rend ces contaminants aériens assez difficiles à éviter. Dans les laboratoires professionnels, les scientifiques utilisent des boîtes spéciales, avec un air filtré, appelés hotte à flux laminaire. L'inconvénient est que cet équipement de labo spécialisé est très coûteux. De quoi le mettre hors de portée du cultivateur de champis amateur. En revanche, si vous aimez le bricolage, vous pourriez vous construire une hotte à flux laminaire semi-professionnelle.

Autrement, vous pouvez utiliser une SAB, ou Still Air Box. Ce type de boîte n'est pas aussi avancé qu'une hotte à flux laminaire, mais peut toujours donner un environnement adéquatement propre pour la culture de champignons. Une SAB est à la base une grande boîte avec deux trous sur le côté pour y passer vos mains. Ce « labo en boîte » vous permet de stériliser l'intérieur de la boîte avec de l'alcool tout en travaillant sur vos cultures grâce aux trous dans la boîte.

STÉRILISATION DES SUBSTRATS ET CÉRÉALES

Les contaminants aériens sont un problème, mais les contaminants viennent aussi souvent avec le substrat. De nombreux substrats et céréales en gros contiennent tout un éventail d'organismes indésirables qu'il faut éliminer, ou du moins réduire, avant de vous en servir en culture. Voilà pourquoi il vaut les stériliser avant de les inoculer avec une culture de champignons.

Un bon moyen de stériliser es blocs de sciure et de céréales est d'utiliser une cocotte-minute assez grande pour tout contenir. Placez vos blocs de fructification en sciure dans la cocotte-minute et faites stériliser pendant 2,5 heures. Les pains de céréales ne mettent pas aussi longtemps à stériliser, environ 1,5 heure.

La stérilisation est un processus dans lequel vous éliminez toutes les formes de bactéries. La pasteurisation est une autre méthode de traitement à la chaleur qui élimine non pas toutes, mais la majorité des bactéries. Au contraire des blocs de sciure, la pasteurisation suffit si vous utilisez de la paille comme substrat. Pour pasteuriser votre paille, faites-là chauffer à 65-82 °C pendant au moins 1,5 heure. Certains cultivateurs placent la paille dans un bain d'eau, dans une grosse casserole ou marmite, en faisant chauffer l'eau au gaz.

SOYEZ PROPRE AVANT DE MANIPULER DES CHAMPIGNONS

On sait maintenant que l'environnement comme l'air et votre substrat peuvent être une source de contamination, mais nous n'avons pas pris en compte une autre source majeure de contamination : vous-même !

Vos vêtements, votre peau et vos cheveux pourraient tous porter des contaminants, ce qui signifie que la propreté pour une culture de champignon réussie est extrêmement importante.

Avant de travailler à vos cultures, prenez une douche et lavez-vous les cheveux. Ne prenez pas juste une douche rapide, mais lavez-vous bien, y compris les ongles et derrière les oreilles, ainsi que toutes les autres parties du corps. Un désinfectant pour les mains aide aussi pour éliminer les bactéries à la surface de votre peau.

Les professionnels dans les laboratoire utilisent des combinaisons pour aller travailler. Vous n'avez peut-être pas une blouse de laboratoire stérile sous la main, mais vous devriez vraiment utiliser des vêtements récemment lavés avant de travailler sur vos champignons. Pensez aussi à porter un masque sur le visage.

UTILISEZ DES OUTILS STÉRILES

Ce serait plutôt futile, même si vous travaillez dans un environnement très propre, si les outils utilisés n'étaient pas correctement stérilisés. En d'autres termes, vous devez stériliser tous vos outils, comme vos scalpels, vos lames et vos seringues avant de les utiliser.

Quand vous utilisez un scalpel ou une lame pour faire un transfert, ils doivent impérativement être stériles. Pour les stériliser, passez-les à la flamme pendant 30 secondes, jusqu'à les chauffer au rouge. Pour ceci, un bec Bunsen ou une lampe à alcool seront idéaux, mais vous pouvez utiliser un briquet si vous n'en avez pas sous la main.

Évidemment, on ne peut pas chauffer les seringues et autres outils en plastique à la flamme. Pour stériliser ces outils, vous pouvez utiliser l'alcool. L'alcool est aussi essentiel pour frotter tous types de surfaces et pour nettoyer les bocaux et les sacs. Une bouteille ou deux d'alcool dénaturé (alcool isopropylique) avec serviettes en papier aident à bien garder les choses propres pour votre culture de champignons.

CONTAMINATION DES CHAMPIGNONS - CONCLUSION

Vous n'arriverez probablement pas à atteindre un environnement 100 % stérile pour inoculer vos champignons. Après tout, les contaminants comme les bactéries et champignons peuvent être partout et tout le temps présents. Mais avec les conseils de ce guide, vous devriez pouvoir réduire significativement les risques de contamination de vos champignons !

Bonne culture !